プロバイオティクスを食品マトリックスに組み込む際に注意すべき9つの課題があります。それらは、1.株選択、2.株生産、3.食物の接種方法、4.加工中の生存率を確保する方法、5.保存中の生存率の損失を回避する方法、6.[プロバイオティクス]コロニー数の計算方法、7.食物感覚特性への影響、8.[製品の保存]消費者家庭における安定性、9.そして胃腸管で役割を果たしています。
具体的には、ジュースでは、有機酸はしばしば製品のpHを4未満にし、プロバイオティクスの生存を阻害する。選択において、低pHに耐えるそれらのプロバイオティクスは、ラクトバチルス・オーバー・ビフィドバクテリウムなどを考慮するべきである。